AFLP技術(shù)是一項(xiàng)新的分子標(biāo)記技術(shù)，是基于PCR技術(shù)擴(kuò)增基因組DNA限制性片段，基因組DNA先用限制性內(nèi)切酶切割，然后將雙鏈接頭連接到DNA片段的末端，接頭序列和相鄰的限制性位點(diǎn)序列，作為引物結(jié)合位點(diǎn)。限制性片段用二種酶切割產(chǎn)生，一種是罕見切割酶，一種是常用切割酶。它結(jié)合了RFLP和PCR技術(shù)特點(diǎn)，具有RFLP技術(shù)的可靠性和PCR技術(shù)的高效性。由于AFLP擴(kuò)增可使某一品種出現(xiàn)特定的DNA譜帶，而在另一品種中可能無此譜帶產(chǎn)生，因此，這種通過引物誘導(dǎo)及DNA擴(kuò)增后得到的DNA多態(tài)性可做為一種分子標(biāo)記。
AFLP可在一次單個(gè)反應(yīng)中檢測到大量的片段。所以說AFLP技術(shù)是一種新的而且有很大功能的DNA指紋技術(shù)。
技術(shù)應(yīng)用：
AFLP具有可靠性好，重復(fù)性強(qiáng)，可信度高等優(yōu)點(diǎn)，廣泛應(yīng)用于遺傳育種研究，在動物遺傳育種、動物基因組研究中有著廣泛的應(yīng)用前景。如：
構(gòu)建遺傳連鎖圖譜
利用AFLP快速鑒別與目的基因緊密連鎖的分子標(biāo)記
AFLP輔助的輪回選擇育種
利用AFLP技術(shù)研究基因表達(dá)與調(diào)控
分類和進(jìn)化研究
甲基化研究
技術(shù)特點(diǎn)：
（1）分析所需 DNA 量少，僅需 0.5μg。也可以用作于線粒體DNA。從線粒體中得到RFLP 研究所需的幾十到上百μg 的 DNA 是很困難的。Roseudahl 和 Taylor(1997) 成功地從一種**(Mycorrhizal fungi) 的單個(gè)孢子中得到 AFLP 標(biāo)記，而每個(gè)單孢子僅產(chǎn)生約0.1～0.5μgDNA。另外,AFLP 反應(yīng)對模板濃度的變化不敏感，DNA 濃度在 1000 倍的范圍內(nèi)變化時(shí)對反應(yīng)的影響都不太大,所產(chǎn)生的指紋圖譜十分相似。
（2）可重復(fù)性好。AFLP分析基于電泳條帶的有或無,高質(zhì)量的DNA和過量的酶可以克服因DNA酶切不完全而產(chǎn)生的失真,PCR中較高的退火溫度和較長的引物可將擴(kuò)增中的錯(cuò)誤減少到*低限度,因而AFLP分析具有很強(qiáng)的可重復(fù)性。Jones等（1997）在歐洲8個(gè)實(shí)驗(yàn)室使用共同的樣本，進(jìn)行嚴(yán)格的實(shí)驗(yàn)，將得到的DNA圖譜進(jìn)行比較，172條譜帶中僅一條出錯(cuò)，誤差小于0.6% 。
（3）多態(tài)性強(qiáng)。AFLP 分析可以通過改變限制性內(nèi)切酶和選擇性堿基的種類與數(shù)目,來調(diào)節(jié)擴(kuò)增的條帶數(shù),具有較強(qiáng)的多態(tài)分辨能力。設(shè)計(jì)不同的人工接頭就會相應(yīng)地產(chǎn)生不同的 AFLP 引物，引物 3'端的選擇性堿基數(shù)目可以是 2+2, 2+3 也可以是 3+3，這些堿基的組成也是多種多樣的。由于 AFLP引物設(shè)計(jì)的巧妙與搭配的靈活，使得 AFLP 能產(chǎn)生的標(biāo)記數(shù)目是無限的。迄今為止，每個(gè) AFLP 反應(yīng)能檢出多態(tài)片段之多，信息量之大，效率之高是其它任何一種分子標(biāo)記所無法比擬的。
（4）分辨率高。AFLP 擴(kuò)增片段短，適合于變性序列凝膠上電泳分離，因此片段多態(tài)性檢出率高，而 RFLP 片段相對較大，內(nèi)部多態(tài)性往往被掩蓋。
（5）不需要 Southern雜交，無放射性危害，且不需要預(yù)先知道被分析基因組DNA的序列信息，是一種半隨機(jī)的 PCR。
（6）樣品適用性廣。AFLP 技術(shù)適用于任何來源和各種復(fù)雜度的DNA ,如基因組山東農(nóng)業(yè)大學(xué)博士學(xué)位論文29DNA、cDNA、質(zhì)粒、某一個(gè)基因或基因片段,且不需要預(yù)知這些DNA 的序列特征。用同樣一套限制酶、接頭和引物,可對各種生物的DNA 進(jìn)行分子遺傳標(biāo)記研究。
（7）穩(wěn)定的遺傳性 AFLP 標(biāo)記在后代中的遺傳和分離中符合Mendel式遺傳規(guī)律，種群中的 AFLP 標(biāo)記位點(diǎn)遵循 Hardy－Weinberg 平衡總之，在技術(shù)特點(diǎn)上，AFLP 實(shí)際上是 RAPD 和 RFLP 相結(jié)合的一種產(chǎn)物。它既克服了 RFLP 技術(shù)復(fù)雜、有放射性危害和 RAPD穩(wěn)定性差，標(biāo)記呈現(xiàn)隱性遺傳的缺點(diǎn)；同時(shí)又兼有二者之長。近幾年來，人們不斷將這一技術(shù)完善、發(fā)展，使得 AFLP 迅速成為迄今為止*有效的分子標(biāo)記。
